L'elezione di Guido da Velate, proveniente dall'omonimo borgo a nord della città (anche se non si può parlare di città vera e propria), come arcivescovo di Milano nel 1.045 D.C. fornisce un chiaro documento di quanto rapidamente aumentò la fama e l'importanza del nostro territorio nella politica e nel governo dell'epoca.
Fedele all'Imperatore, Guido da Velate, schierato contro il Papa. Fu forse questo il motivo per cui, nel corso della guerra che vide i Visconti di Milano combattere contro i Torriani di Como, Varese alleata ai Milanesi, fu barbaramente saccheggiata dai soldati comaschi che distrussero incondizionatamente ciò che trovarono sulla loro strada, inclusa buona parte dei presidi difensivi. (Che sia questa la radice storica dell'infinito contrasto tra Varesini e Comaschi? Chissà! Intanto abbiamo trovato un motivo più intelligente di quello legato alle rivalità da stadio. N.d.r.).

Proprio a conferma della vocazione commerciale della città, esiste una testimonianza di Varese come sede di mercato risalente al 1.068 D.C.

Varese consolida la sua posizione nel corso del XIII secolo grazie sopratutto alle attività mercantile. Centro privilegiato degli scambi era il mercato alla Motta.

La prima espansione territoriale di Varese avvenne lungo sei direttrici definite dalle sei porte, di cui purtroppo non esistono più segni storici: la porta Rezzano situata in fondo all'attuale via Marcobi e si apriva sulla strada per il Sacro Monte, o meglio S.Maria del Monte; la porta Regondello; la porta di S.Martino vicino all'omonima chiesa; la porta Milano; la porta Motta, all'inizio dell'attuale via Carrobbio, verso Piazza Monte Grappa; la porta Campagna.

Schierata ancora una volta al fianco di Milano, nel 1.237 combattè contro l'Imperatore Federico Barbarossa, il quale, si narra, abbia alloggiato al Castello di Belforte.