La città inizia ad avere l'esigenza di un governo che regoli la vita cittadina e vengono creati, intorno al 1.300 D.C. i primi statuti che si basavano su una autonomia di governo privilegiata che si protrasse fino alla seconda metà del 1.700. Tra le varie e poco significative vicissitudini di governo, la città è cresciuta nei secoli.

Uno dei periodi storici più importanti e fondamentali per il consolidamento della città, inizia quando Carlo Borromeo diventa Arcivescovo di Milano. Durante la sua legislatura cambiò molte cose, tra cui l'istituzione ecclesiastica di Varese e contribuì a consolidare la fama del monastero di Santa Maria del Monte che da lì a poco avrebbe visto aprirsi una delle più importanti fabbriche artistiche della Lombardia.

La fabbrica che prevedeva la realizzazione di una grande via che dalle pendici del Sacro Monte raggiungesse in vetta il santuario ebbe inizio quando il cappuccino Padre Aguggiari riuscì a raccogliere la somma di 1 milione di lire imperiali.
Conclusasi nel 1680 la realizzazione della via Sacra vide la partecipazione di artisti celebri quali il Morazzone e il Cerano sotto la direzione iniziale dell'architetto Bernasconi.
L'impresa, che trasforma Varese in un autentico baluardo del cattolicesimo contro la minaccia protestante, viene condotta pur attraverso gravi crisi epidemiche, tra cui la più famosa è quella del 1628, citata dal Manzoni ne "I Promessi Sposi".