Un grande cambiamento avviene nel corso del XVIII secolo. Nel 1.752 Varese diventa per un breve periodo il centro della politica internazionale: fu proprio qui che si tiene il congresso per definire i confini della Svizzera.

Pochi anni dopo fa il suo primo apparire Francesco d'Este, duca di Modena e governatore di Milano. Lo stesso Francesco nel 1.766 ebbe in feudo il borgo dall'imperatrice d'Austria, Maria Teresa.
Di fatto, la storica e secolare autonomia di Varese andava definitivamente perduta.

La città seppur per poco tempo si trasforma in una corte dedita ai ricevimenti, alle parate e alle battute di caccia. La civiltà delle ville che aveva caratterizzato lo splendore urbanistico e artistico del suo territorio per tutto il secolo, trova nella corte di Francesco III d'Este, il suo apogeo.

Anche la rivoluzione Francese transita da qui: lo stesso Generale Napoleone Bonaparte visita il borgo nel 1.799 acompagnato da Giuseppina Beauharnais e Murat, accolti festosamente dalla popolazione.

Nel 1.797 Varese era già stata eletta capoluogo del dipartimento del Verbano.