L'edificio attuale è un rimodernamento operato da Giuseppe Bernascone, a partire dal 1593. La facciata è molto sobria; l'interno, invece, è decorato con affreschi Rococò, realizzati da Giovan Battista Ronchelli di Cabiaglio, che seguono le inquadrature architettoniche di Giuseppe Baroffio del 1756, ripetendo lo schema tradizionale iconografico della cupola che si apre verso il cielo. Al centro c'è una statua in legno del Seicento di Sant'Antonio Abate, mentre nelle nicchie dell'aula vi sono quattro santi anacoreti in terracotta, realizzati forse da Francesco Selva tra il 1613 e il 1623.

Alle pareti sono appese numerose tele come: la "Madonna con San Carlo Borromeo" di Giovan Lanfranco (1610 ca.), posta sulla contro-facciata, la "Madonna di Loreto con i SS. Marta e Agostino"'dislocata sulla parete destra, sopra un confessionale intagliato da Bernardino Castelli. La tela è del 1583 e fu dipinta da G. B. Trotti.

L'altare maggiore della chiesa fu posto sul lato orientale (a sinistra, entrando). Sopra l'altare spicca una tela raffigurante l'«Adorazione dei Magi», di un anonimo, della fine del Cinquecento o inizi Seicento.

Il 17 gennaio si svolge la festa di Sant'Antonio Abate caratterizzata da numerose bancarelle, a partire dal sagrato della chiesa; la notte della vigilia, secondo l'antica tradizione popolare, le autorità cittadine accendono il falò di Sant'Antonio Abate.

Sorge in cima al Colle Mirabello, denominato così per la suggestiva vista che offre sul lago e sulla catena alpina, accanto alla Chiesa di Sant'Antonio alla Motta.

L'edificio fu eretto alla fine del Seicento, poi fu riedificato nel XVIII e nel XIX secolo. Nel 1843 la villa fu rinnovata in stile inglese e fu dotata di un ampio parco. Dell'antica costruzione rimane solo l'Oratorio della Beata dolorata, progettato nel 1767 da Giuseppe Ve-ratti, architetto varesino.

Il parco che circonda la villa costituisce un'unità unica con quello di Palazzo Estense ed è per questo motivo che, nel 1949, il Comune decise di acquistarlo. Il parco è in stile inglese e contiene numerosi esemplari arborei di grande bellezza, come il secolare cedro del Libano, un acero giapponese, un libocedro, imponenti platani e castani; qui si trova anche un delizioso boschetto di magnolie ed uno di rosse camelie.

La villa è attualmente sede dei Musei Civici di Varese. Contiene una sezione storica dedicata al Risorgimento e alla Resistenza; una sezione scientifico-naturalistica e una sezione preistorico-archeologica.